哈哈，这个问题有意思了，火影忍者里边根部和暗部有什么区别？个人认为最明显的区别在于二者的隶属关系以及人员配置方面不一样，下面具体说明一下。
暗部的建立目的是为了执行特殊任务，隶属于火影，而根隶属于团藏。
本质上来说根和暗部都是木叶村建立的为了执行某些特殊任务组成的特殊机构，区别在于隶属关系，暗部的成员接受火影的管辖，以火影的命令为最高指令。谁当火影暗部成员就接受谁的领导，因此在权利方面火影只能说是暂时拥有控制暗部和利用暗部执行某些行动从而实现木叶村或者个人利益。
但是根组织不一样，虽然建立初期貌似根也是暗部的组成部分，实际上来说在组织领导架构和机构构成以及人员配置方面和暗部有天差地别。根组织的领导者只有一个，就是团藏，虽然火影和木叶搞出在明面上也有根组织的领导权，但是实际上跟组织里边的忍者只听命于团藏。
暗部的服务对象是以木叶村的整体利益为先导，接受现任火影的领导。而根基本上属于团藏个人的私人武装集团，成员以团藏的利益为最高执行标准。
暗部对于成员的控制不像根组织那样严密，根组织成员基本上只要加入了就没有退出的可能性。
火影忍者里边木叶村的暗部成员加入或者离开只要符合程序基本上没有任何限制，但是跟组织的成员只要被团藏看上除非死亡否则基本上不能离开根组织，毕竟团藏培养自己的私人武装花费了大量的资源，因此肯定要榨取跟组织成员的最大价值。
当年大和能够离开根组织还得益于三代火影的帮助，因此对比两个小组织的差距，对于成员的控制力度也是主要的差距之一，至于战斗力，成员待遇以及战斗类型都没有太大的区别。根组织就是团藏打着为木叶村鞠躬尽瘁死而后已的口号利用木叶村的资源建立的谋取个人利益的私人武装，至于为何能够建立根组织个人认为应该是为了限制和平衡火影的权利，毕竟火影同样能够利用暗部做一些和自身利用相关的事情。
只要加入了根组织，是生是死就完全由团藏一个人说了算了，而暗部对于成员的把控不像根组织这样严格。
